حدد صندوق حماية البيئة، عددا من العوامل التي يمكن من خلالها تحديد الأولوية لتقديم برنامج الدعم المالي، بهدف تمويل المشروعات المختلفة التي تدعم الحفاظ على البيئة، وتشجع التحول نحو الأخضر. 

ووفق المعلن رسمياً من قبل وزارة البيئة، جاءت أولويات صندوق حماية البيئة في مجال الطبيعة والتغيرات المناخية، كالتالي: 

الأولويات البيئية في مجال حماية الطبيعة والتغيرات المناخية

- يشجع صندوق حماية البيئة، المشروعات التى تهدف إلى حماية التنوع الطبيعي بما فيها المحميات الطبيعية.

- تشجيع القطاع الخاص في مجال الخدمات السياحية والسياحة البيئية.

صيانة وتشغيل المراسي

- صيانة وتشغيل مراسي السفن، والمراسي المعدة لاستقبال الصرف الصحي.

- حماية المواطنين من الآثار الصحية السلبية لـ تغير المناخ.

- تطوير تقنيات جديدة لاستيعاب استخدام مصادر الطاقة المتجددة مثل أنظمة التحكم الذكية.

- زيادة استخدام الطاقة المتجددة لتوليد الكهرباء داخل المنشآت الصناعية وتطبيقات الطاقة الشمسية الحرارية.

- التركيز على إمكانية اسـتخدام بدائل وقود قليلة الانبعاث الكربونية، خاصة في المجالات التي لا يمكن فيها الاستغناء عن الوقود كجزء من عملية التشغيل.