على الرغم من أن فكرة نظام البكالوريا تعتبر ممتازة كنظام تعليمي وستخفف بشكل كبير من الضغوط الواقعة على الطلاب من خلال تقليل عدد المواد، ومن المتوقع في حالة التوافق المجتمعي على نظام البكالوريا ان يكون من أفضل أنظمة الثانوية العامة في تاريخ مصر،  الا انه بواجه بمجموعة من التحديات لا بد من التفكير فيها وحلها بشكل جذرى حتى نضمن نجاح ذلك النظام الرائع وتشمل:

مجموعة من التحديات لا بد من التفكير فيها قبل تطبيق نظام البكالوريا

.الاستعجال غير المبرر في التطبيق من اول السنة القادمة، رغم ان اعادة الهيكلة لم يمر عليها سوى ٤ أشهر فقط، بينما لا بد من أجل تقييم اى نظام تعليمي مرور ٣ سنوات ان لم تكن ٥ سنوات عليه لمعرفة مزاياه وعيوبه 

. التطبيق الفورى للنظام سيحدث ربكة للطلاب الذين سيطبق عليهم في العام القادم لأن هؤلاء الطلاب هم من تلقوا المناهج القديمة ومن ثم من الصعب عليهم التكيف مع المناهج الجديدة المطورة وخاصة انها كلها مناهج مستوى رفيع متقدمة لم يتم اعدادهم لها

.تحدى اختيار الطالب المسار الذى يتوافق مع قدراته رغم انه لم يدرس من قبل مواد تحدد هذه القدرات، على أى اساس يختار الطالب شعبة الأعمال رغم انه لم يدرس الاقتصاد أو المحاسبة أو إدارة الأعمال من قبل 

. تحدى توفير معلمين لمواد مسار الأعمال والتى تتضمن المحاسبة وإدارة الاعمال، لأن مثل هذه المواد خاصة بمعلمى الثانوي التجارى ولا تعدهم كليات التربية، ومن ثم من المتوقع حدوث عجز كببر فيهم

. تحدى توفير معلمي البرمجة والتى تختلف عن الحاسب الآلى وذلك لانهم لا بد ان يكونوا خريجي كليات الذكاء الاصطناعي أو الحاسبات والمعلومات ومثل هؤلاء من المستحيل ان  يعملوا في التربية والتعليم ومن ثم من المتوقع حدوث عجز فيهم 

. تحدى مواد المستوى الرفيع في المواد المختلفة وخاصة أن مثل تلك المواد تحتاج إلى اعداد الطلاب في المستويات العادية منها، فكيف سيحصل الطالب مادة الاقتصاد في المستوى الرفيع دون أن يأخذ الاقتصاد في المستوى الأساسي؟ وكذلك باقي المقررات، وهنا من المتوقع حدوث فجوات معرفية في فهم الطلاب لها وسيواجهون صعوبات في استيعابها 

. تحدى دراسة بعض المواد لمدة سنة واحدة فقط مثل الجغرافيا أو الاقتصاد ، أو دراسة بعض المواد بشكل غير مستمر متقطع مثل التربية الدينية

.تحدى وجود مواد خارج المجموع مثل اللغة الأجنبية الثانية في الصف الأول ومن ثم من المحتمل ان يهمل الطالب مذاكرتها ثم تصبح داخل المجموع في الصف الثانى الثانوى واختيارية ومن ثم فقد يحجم عنها كثير من الطلاب لعدم تاسيسهم فيها 

. تحدى وجود مواد قد لا تكون متصلة بطبيعة المسار، فمثلا في مسار الطب وعلوم الحياة في السنة الثانية  من الأولوية  ان يدرس الطالب مواد الأحياء والكيمياء في المستوى العادى بدلا من الفيزياء والرياضيات قبل أن يدرسها في المستوى المتقدم في الصف الثالث الثانوي 

. تحدى إجبار الطالب على  الاختيار ببن مواد ليست لها علاقة ببعضها البعض، ما معنى ان يختار الطالب بين علم النفس واللغة الاجنبية الثانية؟ 

.تحدى عقد امتحانات في اربعة شهور من العام الدراسي، رغم عدم قدرة الوزارة على توفير أماكن أو معلمين أو واضعى امتحانات لديهم القدرة على وضع امتحانات خالية من الأخطاء للامتحانآت التى تعقد مرة واحدة في العام فما بالنا بعقدها ٤ مرات في العام؟ ومن ثم من المتوقع زيادة الأخطاء، وكذلك السيطرة على الغش والتسريبات

.تحدى ادخال مادة الدين في المجموع رغم اختلاف امتحانها ومن ثم لا بد ان تكون خارج المجموع، فضلا  عن مساواتها في الدرجات مع مواد أساسية بل وفي مستوى رفيع مثل الأحياء والكيمياء والرياضيات والفيزياء والجغرافيا   

.تحدى كسر تسلسل تطوير المناهج لأن تطبيق هذا النظام من العام القادم يعنى تطوير المناهج حتى الصف الثانى الاعدادى، ثم ترك الصف الثالث الاعدادى بلا تطوير ثم تطوير مناهج الصف الأول او الثانى الثانوى والافضل التسلسل في التطوير 

. تحدى وجود التربية الدينية كمادة أساسية وليس اللغة العربية في الصف الثالث الثانوي

كل التحديات السابقة لا بد من الالتفات اليها جيدا حتى يمكن نجاح هذا النظام الذى أؤيده تماما