لا شك أن استجابة  السيد رئيس مجلس الوزراء لما نتج من ملاحظات حول مشروع البكالوريا المصرية هو أمر محمود في حد ذاته، وعلى الرغم من أن اقتراح باتاحة الفرصة للطلاب للاختيار بين تطبيق نظام البكالوريا ونظام الثانوية العامة قد يحمل الكثير من الإيجابيات الا انه يواجه بالكثير من التحديات التي يجب وضعها في الاعتبار ومنها:

ما مدة المرحلة الانتقالية لتطبيق الاختيارنظام البكالوريا والثانوية العامة

. ما مدة المرحلة الانتقالية التى سيطبق فيها الاختيار بين النظامين ؟ وهل من الأجدى تطبيق نظامين (يشملان نظاما لا تزال توجد به مشكلات جوهرية لا بد من علاجها،  وتطبيقه رغم وجود تلك المشكلات به) أم الانتظار حتى تتم معالجة كل مشكلات البكالوريا ومن ثم تطبيقها فيما بعد كنظام موحد لكل الطلاب لما تتمتع به من مزايا غير مسبوقة؟ 

. لا توجد دولة في العالم يوجد بها نظامان تعليميان حكوميان لنفس الشهادة، وإذا تم تطبيق نظام جديد بلائحة جديدة فهو يتم تطبيقه على جميع الطلاب بلا استثناء وليس بشكل اختياري

. تطبيق نظامين تعليمين مختلفين يعنى ضرورة تغيير قواعد القبول بالجامعات وهذا شيء صعب حدوثه

تطبيق نظامين تعليمين سيثير ربكة في المدارس 

. تطبيق نظامين تعليمين سيثير ربكة في المدارس بل وفي الوزارة نفسها، وسيولد الكثير من الأخطاء الادارية والاجرائية. 

.كيف سيتم توفير  عدد كاف للمعلمين في  كلا النظامين مع استحداث الكثير من المقررات الدراسية في نظام البكالوريا؟ 

.تطبيق نظامين للثانوية العامة يعنى أثارة مشكلات في مواعيد الامتحانات وتنظيمها بين النظامين، وهل سيتم تخصيص مدارس لامتحانات الثانوية العامة وأخرى للبكالوريا أم سنتضمن نفس اللجان امتحانات النظامين؟ 

.كيف يمكن تصور أن تكون مادة مثل التربية الدينية خارج المجموع في الثانوبة العامة بينما هى أساسية في البكالوريا؟ وكذلك الحال في اللغة الاجنبية الثانية

.كيف يمكن تصور أن يدرس الطالب اللغات العربية والأجنبية الاولى حتى الصف الثالث الثانوي بينما لا يدرسها في الصف الثالث الثانوي في البكالوريا؟ 

كيف سيكون شكل تنسيق القبول بالجامعات؟

. كيف سيكون شكل تنسيق القبول بالجامعات؟ هل ستقبل كلية الألسن من خريجي الثانوية العامة فقط بما يتماشى مع لوائحها؟ أم ستقبل من خريجي البكالوريا الذين أنهوا دراسة اللغات في الصف الثانى الثانوى؟ وكيف سيكون شكل مراحل التنسيق ومواعيدها؟

. كيف يمكن لـ وزارة التربية والتعليم  توفير بنوك أسئلة ونماذج استرشادية للمقررات الدراسية عبر النظامين 

.وجود امتحانآت مختلفة في نظامين تعليمين مختلفين يؤهلان لنفس الكليات يخل بمبدأ تكافؤ الفرص، اذ لا بد أن تكون  الامتحانات موحدة لجميع الطلاب وتكون المفاضلة في الالتحاق بالجامعات لمن يحصل على مجموع أعلى في نفس الامتحانات وليس في امتحانات مختلفة 

.اختلاف الخلفيات التعليمية للطلاب الملتحقين بنفس التخصص والكلية سيخلق تقاوتا معرفيا كبيرا بين الطلاب، مثال الطالب الذي سيلتحق بكلية الهندسة ولم يحصل سواء على مواد الرياضيات والفيزياء في المستوى العادى في الثانوية العامة على العكس من الطالب الذي حصل على مستويات متقدمة في تلك المواد، وكيف سيلتحق بكلية التجارة طالب لم ياخذ الرياضة في الثانوية العامة بينما أخذها زميله في البكالوريا؟