حينما يأتى الصيف يذهب المصريون إلى الشواطئ، لكن «وجيه صبحى باقى» كانت له وجهة أخرى؛ حيث ذهب عكس الاتجاه وقادته قدماه إلى البرارى (الصحراء)، حينما قرر فى أواخر أغسطس 1986 أن يترك العالم ويلجأ للبحث عن خلاص نفسه فى قلالى (مساكن) دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون، واهباً نفسه ليكون راهباً فى الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، باعداً نفسه عن زخرف الدنيا وزينتها، حيث اشتغل فى بداية خدمته بالدير فى المطبخ، حيث كان يعد الطعام للزوار، ثم الصيدلية، حيث كان يعالج الرهبان والزوار على حد سواء.

عامان كاملان قضاهما «الأخ وجيه»، كما كان ينادى عليه بالدير، فى خدمة من يطرقون أبوابه طلباً للسلام، وكأنه يُثبت أن حبه لله يتجاوز الرغبات الشخصية، ويتجسد فى خدمة الآخرين بحب وتفانٍ، فلم يكن الدير بالنسبة له محطة هروب، بل بداية رحلة طويلة مكتوبة له فى القدر من قبل أن يولد.

وفى 31 يوليو 1988، خلع «وجيه» ثوب طالب الرهبنة، ليرسم راهباً بيد البابا شنودة الثالث ليرتدى ذلك الثوب الأسود الخاص بالرهبان باسم الراهب «ثيؤدور الأنبا بيشوى» الذى معناه «عطية الله أو هدية الله»، ليبدأ عهداً جديداً وحياة من التفرغ لله، إلا أنه سرعان ما رقى إلى رتبة القس فى 23 ديسمبر 1989، ثم اختير للخدمة فى إيبارشية البحيرة بدمنهور، المدينة التى شهدت طفولته، ليعود إليها بروح جديدة، لم تكن مجرد عودة، بل عودة بخبرة الصحراء وحكمة ومزيد من المحبة.

فى عام 1997، وبينما كانت الكنيسة تحتفل بعيد العنصرة، رُسم أسقفاً عاماً باسم «الأنبا تواضروس»، الذى يعنى أيضاً عطية الله، وكأنها رسالة تأكيد على كونه هدية من الله لكنيسته وشعبه، وليكون سنداً للأنبا باخوميوس، مطران البحيرة ومطروح والخمس مدن الغربية، فى مسئوليته، ويكون مسئولاً عن القطاع الصحراوى فى الإيبارشية، قبل أن يدرس التعليم المسيحى والإدارة بسنغافورة.