حاولت جماعة الإخوان الإرهابية، خلال فترة وجودها على الساحة، استغلال المسيحيين وإيهامهم بنيتها بناء علاقة ودية مع الكنيسة القبطية، وتغيير الصورة المعتادة عن التنظيم، والتى تشكلت من خلال مهاجمة وحرق كنائس، وحاولت الجماعة الإرهابية التودد للكنيسة من خلال اللقاءات مع القيادات المسيحية، والتصريحات المتكررة بشأن حمايتهم، وكذلك المشاركة وحضور بعض المناسبات فى الكنيسة.

وكشف البابا تواضروس، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، فى أحد اللقاءات، محاولات الجماعة الإرهابية التودد له والتقرب منه طوال الوقت، من خلال ادعائهم أنّهم يهتمون بالمسيحيين، وأنّ الكنيسة المصرية غالية عندهم، وكانوا يتصورون أنّه سيقتنع بهذا الكلام، لكن الأحداث والاعتداءات التى تمت على الكنيسة أظهرت كذب ادعاءاتهم.

ظهرت حقيقة الجماعة الإرهابية وحلفائها عقب توليهم مقاليد الحكم، حيث وُصفت من جانب الكنيسة بـ«عدم وجود تفاهم متبادل»، وخرج البابا تواضروس، بعد يومين من تجليسه فقط، معترضاً على مسودة الدستور الذى طرحته حكومة الإخوان، قائلاً: «الدستور يجب أن يكون شاملاً، ويعبر عن كل المصريين».

وحاولت الجماعة الإرهابية زعزعة استقرار الدولة، وإثارة الفتنة الطائفية بين المصريين، وشهدت فترة حكم الإخوان عدة أحداث طائفية استهدفت الأقباط، الأمر الذى أدى إلى تزايد التوتر بين الكنيسة والجماعة، التى خالفت وعدها بحماية المسيحيين، كما حدث فى الهجوم على الكاتدرائية المرقسية فى أبريل 2013، الذى أسفر عن سقوط عدد من القتلى والمصابين.

ونالت الكنيسة القبطية والمسيحيون النصيب الأكبر من استهداف الجماعة الإرهابية، حيث سجلت الإحصائيات استهداف أكثر من 90 كنيسة على مستوى الجمهورية، فضلاً عن أحداث الفتنة الطائفة التى شهدتها العديد من المناطق فى أنحاء الجمهورية، واستكمال سلسلة الإرهاب، من حرق وهدم وتفجير الكنائس فى الأعياد والمناسبات، فضلاً عن استيلاء جماعة الإخوان على أغلبية المقاعد فى البرلمان، مما كان يهدد حقوق الأقباط.

وبعد تزايد الاحتجاجات ضد حكم «الإخوان»، أيّدت الكنيسة ثورة 30 يونيو، التى أدت إلى الإطاحة بـ«الرئيس المعزول»، محمد مرسى، وقد ظهر البابا تواضروس الثانى فى العديد من اللقاءات والمؤتمرات لدعم هذه الثورة، فضلاً عن مشاركته مع الرئيس عبدالفتاح السيسى فى إعلان خريطة الطريق، مؤكداً أنها تتضمن سلامة مستقبل الشعب المصرى